АО «Авиакомпания «ИрАэро» было основано в 1999 году. С момента своего создания компания базируется в международном аэропорту города Иркутска, который остается главным хабом перевозчика. Основная миссия компании с самого начала заключалась в обеспечении надежного воздушного сообщения для жителей Восточной Сибири и Дальнего Востока.
Постепенно расширяя географию полетов и наращивая флот, «ИрАэро» стала важным игроком на рынке региональных и межрегиональных перевозок. Помимо основного хаба в Иркутске, были созданы узловые аэропорты в Москве (Домодедово) и Магадане, что позволило оптимизировать маршрутную сеть и предложить пассажирам более удобные стыковки.